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公元2015年,一个巨大的人型生物在日本登陆。出动的联合国军,将那生物称作“使徒”,并予以猛烈地攻击,但全部失败。就连威力最大的N2炸弹,亦只是在短时间内减缓了使徒的步伐。与此同时,一个名为碇真嗣的少年接到阔别十年的父亲的信,被其父源度呼唤至第三新东京市地下的 NERV 本部。面对许久不见的儿子,碇司令所说的只是:“坐上EVA。”真嗣拒绝接受命令,但当他见到一位身负重伤的少女即将乘坐初号机出击时,他改变了自己的决定。